Q.多店舗プランの店舗数はGoogleビジネスプロフィールの数でしょうか？

はい、そのとおりです。

Googleビジネスプロフィールの数が、店舗の数とお考えください。

たとえば、同じ建物の中でも、店舗や会社が2つあって、2つのGoogleビジネスプロフィールがあるとしたら、その場合は「2拠点」となります。（つまり、多店舗プラン対象です）

Googleビジネスプロフィールを基準にしています。